Girne Limanı’na doğru uzanan dik, Arnavut kaldırımlı bir sokağın kenarında yer alan yapı, adını, inşa edildiği araziyi bağışlayan Osmanlı Kıbrıs Valisi’nden almaktadır.
Açıkça Osmanlı mimarisi tarzında olan cami, 1580’li yıllarda inşa edilmiş olsa da bazı kaynaklarda yapının bir Lüzinyan deposundan dönüştürüldüğü iddia edilmektedir.
Kesme taştan dikdörtgen planlı yapının üç ana mekanı ve tek minaresi bulunmaktadır.
Ağa Cafer Paşa Camii günümüzde Müslüman cemaatin yoğun olarak ziyaret ettiği bir yerdir.
Caminin güneydoğusunda 1841 yılında yapılmış Hasan Kavizade Hüseyin Efendi Çeşmesi bulunmaktadır.
Kuzey cephesi üç kemerlidir ve 19. yüzyıl ortalarındaki Osmanlı mimarisinin tipik bir örneğidir. Orta kemerde, taş işçiliğine oyulmuş hilal, arma ve dal figürleri içeren mermer bir yazıt yer alır.
